Марио Фернандес родился 19 сентября 1990 года в Сан-Паулу. Отец Марио — тренер по мини-футболу, поэтому в детстве будущий игрок «Зенита» много времени проводил на паркете. 

«В Бразилии каждый ребенок рождается с мечтой стать футболистом. Да и меня всю жизнь туда тянуло. Единственное, до 16 лет я думал, что буду играть в мини-футбол», — рассказывал Фернандес. 

Марио — воспитанник «Сан-Каэтано», но на профессиональном уровне не провел за него ни одного матча. В начале 2009-го юного защитника выкупил «Гремио» — большая карьера Фернандеса началась именно там. При этом сначала Марио гораздо чаще появлялся в центре обороны. «Мне не хватало физики. Я жил один, без мамы, без девушки. Не умел готовить и ел всякую ерунду: шоколадки, гамбургеры, всё это запивал газировкой. В клубе об этом узнали и попросили приезжать с утра на базу, чтобы питаться правильно», — вспоминал Фернандес. 

Проблемы возникали не только из-за непривычного образа жизни — Марио впервые надолго уехал из дома и тосковал по семье. Практически сразу после подписания контракта с «Гремио» он уехал из команды — вернулся только через неделю. «Это было неправильно, но не хочу раскрывать детали. Было несмешно», — говорил футболист.

На правом фланге обороны Фернандес оказался только в 2011 году. Адаптации к новой позиции не потребовалось: в одной из первых игр Марио забил гол, а в матче с «Фламенго» оформил две голевые передачи и позволил «Гремио» уйти с 0:2 и выиграть 4:2. Так Фернандес моментально привлек внимание скаутов европейских топ-клубов, а также ЦСКА. Впервые армейцы вышли на «Гремио» как раз в 2011-м, но тогда договориться не получилось. 

Зато удалось в 2012-м. Уже после того, как ЦСКА и «Гремио» уладили последние детали соглашения, а Марио согласовал контракт с москвичами, на игрока вышел мадридский «Реал». Фернандес посчитал, что менять решение поздно, и приехал в Россию.